管理问题
1.目前分管水资源、海水淡化及新兴产业的水利部、海洋局、发改委等政府主管部门之间在海水淡化各个环节职责分工不够清晰， 部门之间没有很好的衔接， 致使各级水行政主管部门未能充分履行和发挥其在海水淡化与管理过程中应有的职责和作用。此外，由于体制和条块分割等问题，水行政主管部门也未参与海水淡化工程的建设计划全过程， 致使海水淡化工程未能充分实现其利用效率和效益。
2.研发资金投入不足，缺乏公共的科研和创新平台。我国海水淡化技术是在国家重点攻关项目和政府支持下推动发展起来的， 与的国家相比，研发资金投入相对较少。
技术问题
我国海水淡化技术和产品与世界先进水平相比存在明显差距，海水淡化设备国产化程度不高。我国海水淡化技术经过30 多年的研发，已取得了累累硕果，淡化设备的国产化率也在逐年提高，但一些关键技术和设备与国际上先进水平相比，仍有很大差距。
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